Trong Quy chế, khu bảo tồn biển có giá trị tầm quan trọng quốc gia và quốc tế được phân loại thành: vườn quốc gia; khu bảo tồn loài, sinh cảnh; khu dự trữ tài nguyên thiên nhiên thủy sinh.
Theo Quy chế, diện tích Vườn quốc gia nhỏ nhất không dưới 20.000 ha. Trong đó, có ít nhất 1/3 diện tích các hệ sinh thái điển hình còn nguyên vẹn hoặc ít bị tác động của con người.
Khu bảo tồn loài, sinh cảnh phải là nơi có một hay nhiều loài động, thực vật biển hoang dã, quý hiếm, đang bị đe dọa có nguy cơ tuyệt chủng; có các hệ sinh thái điển hình như san hô, cỏ biển, rừng ngập mặn hay hệ sinh thái đầm phá, cửa sông còn nguyên vẹn hoặc ít bị tác động của con người, cần được quản lý, bảo vệ, bảo tồn. Diện tích của khu bảo tồn loài, sinh cảnh nhỏ nhất không dưới 10.000 ha. Trong đó, khu bảo vệ nghiêm ngặt tối thiểu phải chiếm 1/5 diện tích của khu bảo tồn.
Khu dự trữ tài nguyên thiên nhiên thủy sinh là vùng biển, nơi sinh cư của nhiều loại động, thực vật biển; có các bãi đẻ hay khu vực tập trung các loài sinh vật biển chưa trưởng thành; nguồn giống bổ sung cho các vùng biển liền kề. Diện tích của khu nhỏ nhất không dưới 10.000 ha. Trong đó, diện tích các bãi đẻ hoặc tập trung các loài sinh vật biển chưa trưởng thành chiếm ít nhất 2/3 diện tích của khu bảo tồn.
Vườn quốc gia, khu bảo tồn loài, sinh cảnh và khu dự trữ tài nguyên thiên nhiên thủy sinh là những khu vực mà mục tiêu bảo tồn bảo đảm được thực hiện và không bị thay đổi bởi những hoạt động bất lợi của con người. Do vậy, các tổ chức, cá nhân và cộng đồng dân cư vẫn được tham gia quan trắc, tuần tra, bảo vệ, du lịch sinh thái, nghiên cứu khoa học và đào tạo trong Khu bảo tồn biển theo đúng quy định của pháp luật.
Nhằm hạn chế những tác động từ bên ngoài, mỗi khu bảo tồn biển được thiết lập vành đai bảo vệ có độ rộng tối đa không quá 1000m và tối thiểu không ít hơn 500m, tính từ ranh giới khu bảo tồn biển trở ra.
Tại phân khu bảo vệ nghiêm ngặt thuộc khu bảo tồn biển, nghiêm cấm việc: khai thác nguồn lợi sinh vật và phi sinh vật bằng bất cứ phương pháp, công cụ nào; nuôi trồng thủy sản; xả các loại chất thải, nước thải; tàu cá, tàu biển và các loại phương tiện thủy khác không được phép qua lại, trừ trường hợp bất khả kháng...
PV