Hệ thống sinh thái biển đa dạng thuộc quần đảo An Thới ở phía Nam hay hòn Móng Tay, hòn Đồi Mồi và hòn Thầy Bói phía Bắc đảo Phú Quốc là những nơi lý tưởng để du khách khám phá thế giới đại dương. Các dải san hô nơi đây đứng đầu bảng tại Việt Nam về mức độ phong phú. Phú Quốc hiện có khoảng 500ha hệ sinh thái rạn san hô, nơi đây có gần 100 loài san hô cứng, gần 20 loài san hô mềm và 62 loài rong biển, thế giới cá đa dạng (mú, dìa, mó, đổng...), các loại ngọc trai, ốc đụn, rùa, hải quỳ, cùng cỏ biển - thức ăn của loài bò biển dugong phổ biến ở biển Phú Quốc.
Tham gia tour lặn, du khách phải mất ít nhất nửa ngày. Nhưng phần lớn du khách thường đặt chuyến cả ngày hoặc thuê tàu đi lặn ban đêm để ngắm các loài nhuyễn thể. Phải đăng ký trước ít nhất một ngày để các hãng lặn kiểm tra sức khỏe (chủ yếu là huyết áp cùng các bệnh tim mạch khác, nếu có) và trình độ lặn của du khách (có nhiều cấp bậc do các hãng lặn cấp, có giá trị toàn cầu).
Ở Bắc đảo chỉ có 2 nơi ngắm san hô đẹp nhất đó là hòn Đồi Mồi và hòn Móng Tay. Hòn Móng Tay có hệ sinh thái san hô phong phú, du khách có thể thuê tàu từ cảng Dương Đông tới đây ngắm san hô kết hợp câu cá.
Tại chợ đêm Dinh Cậu hoặc trung tâm Dương Đông có các công ty chuyên tổ chức tour câu cá và lặn ngắm san hô, bạn có thể mua tour ở các công ty này với giá vé từ 350.000 – 500.000VNĐ/vé bao gồm ăn trưa trên tàu; hoặc thuê tàu du lịch để ngắm san hô (phù hợp với nhóm đông người).
Muốn lặn ngắm san hô, du khách cần phải có một số kỹ năng nhất định như: sử dụng thành thục chân nhái; làm quen với cách thở bằng miệng qua ống thông hơi.
Đào Thu