Theo đó, tổng diện tích tự nhiên của Vườn quốc gia Du Già là 15.006,3ha thuộc địa bàn 3 xã: Xã Tùng Bá (huyện Vị Xuyên); xã Minh Sơn (huyện Bắc Mê); xã Du Già (huyện Yên Minh) với 3 phân khu chức năng gồm phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, phân khu phục hồi sinh thái và phân khu dịch vụ - hành chính.
Vùng đệm vườn quốc gia có diện tích 8.850ha trên địa bàn 33 thôn, 6 xã (thuộc 4 huyện của tỉnh Hà Giang) giáp ranh vườn quốc gia, bao gồm: Du Già, Đường Thượng (huyện Yên Minh); xã Minh Sơn và Yên Định (huyện Bắc Mê); xã Tùng Bá (huyện Vị Xuyên); xã Thái An (huyện Quản Bạ).
Vườn quốc gia Du Già có nhiệm vụ bảo vệ các hệ sinh thái rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới núi đá vôi và các loài thực vật, động vật hoang dã nguy cấp, quý, hiếm, đồng thời duy trì chức năng phòng hộ đầu nguồn của lưu vực sông Gâm và hệ thống suối trong khu vực của hồ thủy điện Tuyên Quang, góp phần ổn định sản xuất nông nghiệp, công nghiệp trong khu vực; xây dựng và phát triển cơ sở hạ tầng, tạo điều kiện cho việc nghiên cứu và phục vụ nghiên cứu bảo tồn khu hệ động vật rừng, thực vật rừng và các hệ sinh thái điển hình của vườn…
UBND tỉnh Hà Giang có trách nhiệm trực tiếp quản lý Vườn quốc gia Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn; chỉ đạo việc lập dự án đầu tư xây dựng và phát triển Vườn quốc gia Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn, Dự án đầu tư xây dựng và phát triển vùng đệm Vườn quốc gia Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn và các dự án đầu tư, phát triển khác có liên quan, trình cấp có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt và tổ chức thực hiện theo quy định hiện hành.
Phạm Gia