Cụ thể, các tay đua thi đấu chặng đấu đường trường từ Nghệ An - Quảng Bình (chặng 5 ngày 28/10/2020) sẽ thay đổi thành nội dung đồng đội tính giờ tại thị xã Cửa Lò (Nghệ An). Sau chặng thi đấu này, đoàn đua sẽ di chuyển đến thành phố Huế. Đến chặng đấu Quảng Bình - Huế (chặng 6 ngày 29/10/2020), các tay đua sẽ chuyển sang thi đấu chặng Huế - Hội An. Và chặng 7 của giải sẽ là chặng đua ski vòng quanh Thành phố Tam Kỳ (Quảng Nam). Cuối cùng, đoàn đua sẽ trở lại với lộ trình dự kiến để về đích tại thành phố Quy Nhơn (Bình Định) vào ngày 1/11/2020.
Với sự điều chỉnh này, đây là lần đầu tiên Giải xe đạp VTV - Cúp Tôn Hoa Sen được áp dụng nội dung thi đấu Cá nhân tính giờ và Đồng đội tính giờ trong cùng một giải. Ngoài ra, giải năm nay gồm 2 nội dung thi đấu đua vòng quanh (ski) và 5 nội dung thi đấu đường trường (có 3 ngọn đèo).
Tổng cộng giải có 9 chặng đua, xuất phát từ thủ đô Hà Nội ngày 24/10/2020 và kết thúc tại thành phố Quy Nhơn vào ngày 1/11/2020 với tổng lộ trình dự kiến 858km. Đây là quãng đường đua khá phù hợp với các tay đua Việt Nam tại thời điểm hiện nay sau khi các đội đã tập trung vào 2 giải trẻ toàn quốc và Giải vô địch quốc gia mới vừa kết thúc.
Hy vọng lộ trình mới này sẽ tạo ra sự kịch tính, hấp dẫn hơn cho giải đấu; đặc biệt là sự công bằng hợp lý trong các hạng mục thi đấu, giúp giải đấu thu hút và đáp ứng được kỳ vọng của người hâm mộ xe đạp Việt Nam trong thời điểm này.
Như Huy